LINK G4X MX5 NAプラグインの説明書を読むと、NA6に取り付けると同時にエアフロを外す場合は、燃料ポンプを制御するリレーのハーネスをAUXチャンネルに接続する事をお勧めしますと書かれています。
写真も載っていますが少しわかりにくい感じでしたので、その結線ついて具体的にどうするのかを紹介します。
燃料ポンプを制御するリレーはサーキットオープニングRyで、ハンドルコラム下にマウントされています。

写真はNA8 Sr2
具体的にはエアフロに行っているサーキットオープニングRyカプラーの「薄緑線」を車体側コネクター「2T」端子(空き端子)に接続します。
プラグインの「2T」にはAUX5が割り当てられていますから、燃料ポンプ制御の設定をPC LINKで行います。
「薄緑線」をカット→延長するなどの作業をする時にそのままだとやりにくいので、私は一旦カプラーから端子を抜いています。

抜く端子
カプラーがささる方向から見て赤丸の爪を細いマイナスドライバー等で軽く押し上げてやると、反対方向に端子が抜けてきます。
使われている平端子はネットで普通に売られていますので、それを使って1本専用ハーネスを作るのもスマートで良いかも知れませんね。
ご参考まで。